[yusnerqui]

Jajajajaja, me he reido bastante con tu mensaje, el egómetro me explotó al leerlo jajaja.

Lo primero que debes saber es que no estás ejecutando php desde js ni mucho menos, sino que estás usando php para construir tu código js. El efecto de este código es el mismo que si tú te leyeras el fichero de texto, determinaras los trozos de cadena a poner y los teclearas en el arreglo. Si das clic derecho a tu navegador y seleccionas ver codigo fuente notarás que tu arreglo está declarado así

  datosM = ['Primera cadena', 'Segunda  cadena', 'Tercera cadena'...]

y esa fue la labor del php, que como te hemos explicado se ejecutó en el servidor antes que la web fuera mostrada al usuario final.

Solo te comentaré un par de cosas puesto que la función es practicamente la misma que tú supercomentastes.

<script>
function HazArrayM_txt()
{
var l;
datosM = []; // Vaciamos el array

    <?php        //inicio php
        if (file_exists('XX/Prueba.txt'))
        {
            $fp = fopen('XX/Prueba.txt', 'r');
            echo "datosM = [";//comienzo a armar el arreglo
            while (!feof($fp))
            {
                $linea = fgets($fp);
                $l = strlen($linea);
                if ($l > 17) {
                  $linea = substr($linea, 0, 16);        
                  echo "'$linea' ,";   //le voy agregando cada elemento, notese la comilla simple para enmarcar la cadena     
                }
            }
            fclose($fp);
        }// if    
        echo "]";//cierro el corchete del arreglo.
    ?>      //termino php  
}; 

</script>

No hay mucho mas que comentar. Solo que debes profundizar más puesto que estos son temas un poco complejos y el enfoque a veces es determinante.

Saludos