Es difícil saber dónde está el problema sin ver el código que estás utilizando.
Deberías poder crear tantas instancias de un formulario como necesites sin problemas. No acabo de entender qué quieres decir cuando hablas de: "pero cuando ejecuto el segundo formulario los controles solo quedan para el primero", pero parece que el problema está en cómo trabajas con esos controles.
Das pocos detalles para saber dónde puede radicar el problema.
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