Podes hacer vos mismo un pequeño programa que haga esta tarea; y ejecutarlo como parte del script de instalación. Ahora no tengo tiempo para darte la instrucción yo mismo, pero si buscas un poco por la documentación del inno setup, seguro la encontras.
Tengo entendido que incluso podes conseguir que el instalador copie el ejecutable al disco duro, lo ejecute y luego lo borre como parte del "cleanup" de la instalación.
Hasta luego.
