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Estaba pensando que primero hacías una pasada por los ficheros para extraer el texto y guardarlo en un fichero (TXT) y luego en una segunda pasada cogías todos esos ficheros y los insertabas en Base de Datos.
Me da la impresión (por lo que entiendo ahora) que no lo haces así, sino que lo vas haciendo al mismo tiempo.
En ese caso hay 2 opciones:
(1) Separar y hacer 2 threads; Me parece más modular, pero se aleja de lo que tienes ahora y debes programar más.
(2) Hacer un único thread que haga lo que ahora; recorra ficheros, extraiga e inserte en Base de Datos. En este caso el thread es más complejo.
No hagas un thread por fichero. mucha complejidad y mucha sobrecarga.
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