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Los que comentas son típicos procesos para ańadir dentro de Threads, puesto que a priori (si no he entendido mal) el programa no debe esperar a que estos acaben para continuar trabajando, sino que pueden "lanzarlos" en un segundo plano.
Yo dividiría en dos, por un lado en que extrae los TXT y por otro el que los inserta en Base de Datos (incluso podrían estar funcionando en paralelo -tipo producer/consumer-).
Ten en cuenta para el de base de datos que deberás crear conexiones especificas para el hilo (Base de Datos), no puedes compartir las del programa principal.
Por lo demás, si necesitas que seamos más concretos ya dirás.
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