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Si lo que quieres es hacer un backup 'normal' por seguridad, está bien así, copias la base de datos y listo.
En firebird, cuando haces backup y restore no estás solamente copiando la base de datos, sino que al mismo tiempo está comprobándola y solucionando posibles problemas, además de eliminar basura.
Si quieres comprobar la integridad de la BD sqlite, creo recordar que hay algún parámetro del tipo: integrity-check
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