Deberías dar más datos de tu aplicación.
żQué tipo de aplicación es?
żTiene algo de especial?
żUtilizas Threads?
A priori si creas una aplicación con 2 formularios, los abres y los cierras de la forma normal, esto no pasa. Tu aplicación debe tener algo especial que hace que esté fallando, pero debes darnos más información, porque sino vamos a tener que "sacar la bola de cristal para adivinarc cosas", y eso no suele funcionar...