[ecfisa]

Hola Drakyto.

Proba de este modo:

Código Delphi [-]
...
implementation

uses Registry;

const
  CVALUE = 'MiAplicacion';

procedure AutoRun(Execute: Boolean);
begin
  with TRegistry.Create do
  try
    RootKey := HKEY_LOCAL_MACHINE;
    if Execute then
    begin
      OpenKey('\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run', True);
      WriteString(CVALUE, ExtractFilePath(Application.ExeName) +
          ExtractFileName(Application.ExeName))
    end
    else
    begin
      OpenKey('\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run', False);
      DeleteValue(CVALUE);
    end;
  finally
    CloseKey;
    Free;
  end;
end;

Llamada ejemplo:

Código Delphi [-]
procedure TForm1.CheckBox1Click(Sender: TObject);
begin
  AutoRun(CheckBox1.Checked);
end;

Saludos.

Edito: No había visto la respuesta de roman, pero creo que es la misma idea.