[ecfisa]

Hola.

En lugar de ShellExecute tendrías que usar CreateProcess y WaitForSingleObject.

Un ejemplo para llamar a la calculadora de windows y esperar a que esta cierre para continuar:

{
STARTUPINFO StartInfo;
PROCESS_INFORMATION ProcInfo;

  memset(&ProcInfo, 0, sizeof(ProcInfo));
  memset(&StartInfo, 0 , sizeof(StartInfo));
  StartInfo.cb = sizeof(StartInfo);
  if ( CreateProcess("C:\\WINDOWS\\SYSTEM32\\CALC.EXE",NULL, NULL, NULL, NULL,
       NULL, NULL, NULL, &StartInfo, &ProcInfo) ) {
    WaitForSingleObject(ProcInfo.hThread, INFINITE);
    SetFocus();
  }
  // Continuar ...
}

Saludos.