El problema no es tando las indy... sino la combinación método-para-encriptar/método de transmisión que estas usando..
En lugar de hacer writeln/readln, podrias hacer un writebuffer/readbuffer, o bien cambiar el método para encriptar por uno que no incluya caracteres "especiales" dentro del resultado.
Por ejemplo el xorEncode xorDecode. El algoritmo está incluido en las rusas.
Hasta luego.
