Deberías poner tu base de datos en otro directorio, por ejemplo en un /home/un_usuario/datos
Deberías cambiar el propietario del mismo chown firebird.firebird tubasedatos.fdb (tanto al directorio donde estará como a la propia BD)
No le des permisos 777, sólo firebird (su propietario) va a leer y escribir, así que los usuarios de otro grupo o los otros usuarios no deben ni tener acceso.
Además deberías (hacerlo sí o sí) hacer un backup transportable de tu BD en windows y restaurar el gbk después en linux.
gbak -b -v -t ( t de transportable ) -user sysdba -password masterkey tubd.fdb tubd.gbk
Y ya sabes que no tienes que compartir nada en el sistema, que es el propio servidor firebird el que recibe las peticiones por el puerto 3050 y él se encarga de acceder a la BD, a la que sólo debe tener permiso para acceder el propio firebird.
Recuerda también usar siempre la IP para conectar, o localhost si estás en el mismo equipo: 192.168.1.100:/home/pepe/labasedatos.fdb
Y nada más.
¿Verdad que fue fácil instalarlo?
Edito: ¿por qué la versión 2.0?