Hola.
Realmente no entiendo ese comportamiento, de hecho he utilizado ese código sin ningún tipo de inconveniente.
No ví ningún parámetro de la función que lo maneje, pero podés revisar aqui:
SetWindowLong Function, por si algo se me escapó.
Además el texto en:
About Scroll Bars, denota lo irregular del comportamiento que mencionás.
Cita:
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If most of the object is visible, the scroll box occupies most of the scroll bar shaft. Similarly, if only a small portion of the object is visible, the scroll box occupies a small part of the scroll bar shaft.
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Quizá el problema lo esté generando el uso de frames...
Un saludo.