Caral, ejecuta el Monitor del sistema para ver qué procesos o programas son los que consumen la cpu y los que necesitan más memoria, puedes dejarlo funcionando y echarle un vistazo mientras se está trabajando con tu programa y cuando vaya lento entonces te fijas qué programa es el que consume la cpu o gasta la memoria.
Está en el Menú sistema->Administración->Monitor del sistema
O lo puedes ejecutar directamente desde consola, el "ejecutable" se llama:
gnome-system-monitor
