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Creo que el diseńo que estás haciendo es incorrecto. Estás mezclando en 1 tabla cosas que deberías tener en 2.
Una tabla para alumnos y otra tabla para Calificaciones.
Si aun así decides tenerlo todo en una tabla, tal vez algo que te facilitaría el trabajo sería esto:
Calificaciones
id
idalumno
idmateria
calificacionOrdinaria
calificacionExtraordinaria
No me parece correcto pero al menos es mejor que el caso que tú propones ya que tienes 1 sólo registro por alumnos y materia y no repites esos datos en varios registros (cosa que te podría provocar incongruencias).
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