Hola.
Para que un código se inicie antes que el S.O. tenés que hubicarlo en el sector de arranque, el cuál tiene 512 bytes o sea que ni sueñes otra cosa que teclear assembler.
Es allí donde tendrías que insertar un código que llame a tu aplicación y luego llamar al núcleo del S.O como en un arranque normal si no, cuelgue seguro ...
Como el comportamiento que deseas es similar al de un virus ACSO, podrías revisar en google sobre este tipo de programas y extraer lo que precises del código.
Saludos.
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