La solución dependerá de que uses para conectarte a la base de datos. De alguna forma tenes que conseguir que tu motor de acceso use la librería dll del firebird embedded, que normalmente buscará como fbclient.dll o gds32.dll. De alli que hay que renombrarla. Yo imagino que normalmente tratan de abrirla sin una ruta específica, y al encontrarse en el windows/system, windows/system32 o alguna otra ruta del path, es windows quien se encarga de encontrarla y resolver la ruta de la librería a usar. Si usas ibx, supongo que esa llamada se hace desde el directorio de tu aplicación, con lo que basta que renombres las librerías alli mismo, y todo funcionará a la perfección. Todavia no se exactamente donde debiera estar la librería si usas el BDE... pero seguro haciendo algunas pruebas vos mismo te vas a dar cuenta...
Hasta luego.