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Supongo que puedes "montar" un archivo con estructura propia, incluyendo las dos partes. Padrías añadir al inicio un número de bytes fijos para dar información del tamaño de cada archivo y luego incluir los dos ficheros.
Otra opción, tal vez más sencilla para empezar, sea comprimir ambos archivos en uno sólo. Una vez que tu aplicación los vaya a reproducir, descomprimirlos y trabajar con ellos por separado.
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