Pues no te queda otra que hacer un proceso de sincronización.
(1) Llevarte todos los datos de la tabla al segundo ordenador.
(2) Renombrar la tabla del segundo ordenador.
(3) Crear la nueva tabla.
(4) Recorrer la taabla de (1) y la de (2) e ir añadiendo los datos a la nueva tabla de (3).
(5) Puedes, opcionalmente, copiar la tabla generada en (4) al ordenador de origen "sobreescribiendo" la que copiaste en (1)
No se si me expliqué bien...
El problema es que no hay nada estandard para este proceso, ya que depende de muchas cosas:
* Qué tablas y cuantas debas sincronizar.
* Si hay varias pueden o no estar relacionadas.
* Posibles colisiones con registros duplicados. Y resolución de estas.
* Tablas con preferencia sobre otras.
* ...
NOTA: Hay herramientas comerciales que te permiten "fusionar" dos bases de datos, tanto esquemas como datos, aunque está claro que es un proceso manual, no automatizado.