Yo pienso que las facturas están "borradas", sería conveniente que utilizando alguna utilidad compruebes si están marcadas para borrar.
Si es así desde clipper mismo desmárcalas.
Código Delphi
[-]
Facturas->(DbGoTop())
WHILE !Facturas->(EOF())
Facturas->(DbRecall())
Facturas->(DbSkip())
END
Ahora crea de nuevo el índice, ya nos dirás si lo solucionas.
Un Saludo.