Aunque no es ninguna de las opciones que manejas, yo te inclino por firebird, suponiendo que te referis a un sistema de escritorio. MS SQL Server en mi humilde opinión, no vale la pena, y MySQL es muy bueno, pero no tiene soporte para transacciones (al menos hasta donde lo conozco...), lo cual se convertiría en una limitante de tu sistema, dado que entiendo que es un sistema de escritorio.
Hasta luego.