En el caso de
SQL Server y
estando ambas dentro del mismo servidor basta con que las llames utilizando nombre de la Base de Datos y nombre de la tabla (interponiendo dbo).
Código SQL
[-]
Select * from BD1.dbo.tabla1
union
Select * from BD2.dbo.tabla2
NOTA: Para el mismo servidor no hace falta LINKED SERVERS.
NOTA2: He aquí un ejemplo más de lo importante que es explicar las cosas bien. Si esta última explicación (los dos detalles subrayado) la hubieras dado en un primer momento nos hubieramos ahorado muchas horas y unas cuantas respuestas.
Un saludo.