Cita:
Diferencias en las fechas de JavaScript
La única diferencia en el objeto Date es el método getYear. Para la especificación ECMAScript (que es la que sigue JavaScript), el método no es compatible con el efecto 2000 y al ejecutar new Date().getYear() en 2004 se obtendrá un valor igual a “104″. Para la especificación ECMAScript, getYear devuelve el año menos 1900 lo cual devolvía “98″ para 1998. getYear quedó obsoleto en la versión 3 de ECMAScript y fue reemplazado por getFullYear. Internet Explorer cambió la implementación de getYear para que funcionara como getFullYear y fuese así compatible con el efecto 2000, mientras que Mozilla mantuvo el comportamiento estándar.
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Creo que ahí tienes la respuesta al problema.