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También hay que tener en cuenta qué tipo de archivos son, ya que algunos son comprimidos y no se pueden comprimir, lo único que haces es perder tiempo (ejemplo, los jpg).
Además comprueba que versión de compresor estás usando, porque como sea alguno no muy moderno... están limitados a crear ficheros como máximo de 2 Gbytes, por lo que seguramente luego no puedas acceder a ellos para descomprimirlos.
Sin conocer en profundidad el caso, creo que lo mejor es poner un disco más grande y una red de 1000, como mínimo. Tampoco es nada caro. Y hacer la copia "a pelo".
P.d.: Algunas soluciones, aunque soy totalmente pro-software libre, me han parecido también bastante fuera de contexto, me ha recordado al tipo que decía: "no consigo que me funcione bien el teclado, voy a reinstalar el güindos"
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