¿Y cómo haces las copias?, ¿a dónde haces la copia?, ¿con qué comando o programa las haces?...
¿Media hora en borrar unos datos?, ¿seguramente se estén ejecutando triggers y procedimientos lanzados en esos borrados?, ¿cómo borras los datos?, ¿cómo borras la tabla?...
¿Las copias son del disco al mismo disco?, ¿a otro disco?, ¿a un disco externo?, ¿scsi, usb, ide...?, ¿haces las copias en otro ordenador por la red?, ¿otro linux, windows...?, ¿de qué forma, sistema, etc...?
En fin, que bastante difícil es ayudar en estos casos como para que des tan poquita información