En SQL Server puedes acceder a diferentes Bases de Datos del mismo servidor colocando el nombre delante; Algo así, por ejemplo:
Código SQL
[-]
select * from BD1.dbo.MiTabla1
UNION
select * from BD2.dbo.MiTabla2
Si tus Bases de Datos están en distintos servidores SQLm también se puede, aunque debes usar "Linked Servers"; Revisa la ayuda de SQL Server; Está explicado con detalle.