La verdad es que no tiene mucho que ver lo uno con lo otro.
Application.ProcessMessages lo único que hace es que windows procese mensajes de los que hay en la cola de mensajes. Se suele utilizar por ejempo, cuando estamos dentro de un bucle, para que la aplicación no se quede "congelada" cuando estamos ejecutando un código continuamente.
Si utilizas threads, conseguirás que determinados procesos se ejecuten en un thread diferente al de la aplicación principal.
Puedes usar lo uno, lo otro, los dos o ninguno, ya que son cosas independientes.
Por lo que explicas, creo que esa tarea que haces cada segundo "tiene pinta" de que se debería ejecutar en un thread aparte.
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