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Para el problema de saturación de la cpu tendrás que buscar otro culpable, dudo que firebird tengan algo que ver en ello.
En cuanto al tamaño de la base de datos, la verdad es que 500 Kb ó 1.5 Mb es algo insignificante para las posibilidades de firebird.
Efectivamente, son "versiones" de registros que ya no sirven y puedes eliminarlas mediante backup/restore. Pero es que ese tamaño no lo necesita, no es necesario que lo hagas 3 veces diarias.
Mi experiencia al respecto (con firebird), en mis clientes, son bases de datos bastante más grande, van en estos momentos desde los 400 Mb de la más pequeña hasta los 6,7 Gb de un cliente que he atendido hoy. Las consultas son "casi" igual de rápidas pese al tamaño. En algunos hacen backup/restore todas las noches y en otros pueden pasar meses o años y no lo hacen.
En ningún caso se ha presentado ese problema que tienes. Deberás "vigilar" los procesos en ejecución para encontrar al culpable.
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