No veo el problema, si tienes relación maestro detalle entre Facturas y pagos por ejemplo.
Código:
Var
nPagos:Integer;
nIni:Integer;
begin
for nIni := nPagos do
begin
MiTablaPagos.Append;
MiTablaMiCampo.Value:='lo que sea';
end;
end;
Otra cosa es que no sea buena idea hacer que un autonúmerico sea clave principal.
Un Saludo.