Lamento no ser concreto por ahora, pues es un cambio por el que pasé hace mucho tiempo (en los días de fb 1.01), pero si recuerdo haber tenido algún problemilla (quizas por cuestiones de mi diseño o de la forma de uso de las BD).
Lo que no veo tan engorroso es hacer el backup/restore. En cuestión de minutos podes tener una aplicación que se encargue de hacer el backup, otra que se encargue de renombrar el archivo de base de datos antigüo y restaurar el backup, e integrar todo esto en un instalador (por ejemplo con inno setup) de manera que el upgrade se haga prácticamente solo.
Tendrías que intervenir solo en los casos donde hubiese problemas... que con la lógica bien puesta en las aplicaciones, casi seguro no habrán...
Es, claro, solo una idea...
Hasta luego.
