No dices con qué motor y tablas trabajas, pero si fuera con Paradox + BDE una opción fácil sería la creación de un alias, que cargará la dirección a la que apunta de forma dinámica, es decir despues de que el usuario haya elegido la empresa, de esta manera tendríamos; Unas tablas comunes en una carpeta y luego las particulares de cada empresa en una carpeta reservada para dicha empresa.
La misma idea podría aplicarse a otros sistemas, más o menos en la línea que ya te han indicado David y Lepe.
Un Saludo.
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