Supongo, pues no lo comentas, que accedes utilizando ADO.
En ese caso si cambias la propiedad de TimeOut tanto del ADOQuery/ADOCommand como del ADOConnection debería funcionar; Yo lo he utilizado en algun caso y va bien.
Otra cosa, independientemente de esto, es que tal vez deberías rediseñar tu Stored procedure. No se que hace, pero supongo que podrías dividirlo en unidades más pequeñas.
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