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Podría resultar mas sencillo elegir que tablas tendrán información de este tipo y rellenarlas antes de hacer las copias. De esta manera evitas tener que procesar la información de vuelta.
Si esto es inevitable (el procesarla de vuelta), podes crear tablas de equivalencias entre cada una de las bases de datos y la base de datos central y un proceso que identifique que registros nuevos vienen y cree la entrada en la base central, para finalmente llenar la tabla de equivalencias y en base a esta trasladar los registros.
Es solo una idea...
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