Alomejor te interesa mejor poner algún dibujito moviéndose, como los típicos engranajes dando vueltas o algo así, la otra forma sería calcular el tiempo que va a tardar la consulta, quizás con un "prepare", y luego poner una barra de progreso con ese tiempo, aunque no será muy exacto
Otra solución puede ser un "hilo" independiente, pero creo que eso es algo que no vale la pena.