Requerir certificado digital de cada cliente o usar uno propio del desarrollador

[yui]

Buenas, a mi me entra la duda, si en mi empresa tenemos nuestro propio SIF, que operamos con nuestro certificado y llevamos el de varios clientes finales, si ofrecemos la posibilidad de operar con el certificado de algun cliente final en vez del nuestro, tendria alguna implicacion? contanto que nuestro sif es una unica instancia en la nube, seria posible en el mismo hacer envios con un certificado u otro segun vaya a mandar?? o tendria que ser una instancia aparte sobre el mismo SIF pero solo para ese cliente ?