donde almacenar los procedimientos y funciones

[[__hector]]

Es una pregunta muy generica, pero en realidad los procedimientos pertenecen como tal a una base de datos, y si quieres mover tu aplicacion con todo y base de datos, se te hara imposible hacer un backup/restore de la base de datos master en otro servidor, ya que esta contiene como sabemos toda la configuracion del sistema, y no puede ser reemplazada en otra maquina asi nomás.

Yo te recomiendo que cada procedimiento sea contenido en la base de datos sobre la cual ejecuta las tareas.