Lista bidimensional de python a txt

[gusspagano]

Antes que nada, gracias por su tiempo y su generosa ayuda.

Tengo un archivo txt conformado por 344,160 lineas. Cada linea tiene 3 valores: coordenada x, coordenada y, dato. Estos 3 valores estan separados por espacio. Ej: 338619.4247572054 2304584.9999724245 -10.0.

Lo que intento es meter estos 344,160 datos en una lista bidimensional de tamaño 100 x 100. Utilizo las coordenadas x, y de cada linea para calcular la columna y renglon en la cual debo colocar cada dato. Dado que la lista unicame tiente 10,000 posiciones (100x100 = 10,000) y el txt tiene 344,160 datos, muchos datos van a caer dentro de una misma posición dentro de la lista, por lo cual estoy haciendo un promedio. Por otra parte, habran posiciones dentro de la lista en los cuales no caerá ningún dato. A estas posiciones de la lista les agrego el valor -9999 para indicar que es un dato nulo.

El proceso que sigo es el siguiente:

• creo una lista vacia (lista = []) a la cual posteriormente agrego 100 veces dato nulo (-9999)
• creo otra lista vacia (listadatos = []) a la cual agrego 100 veces la lista anterior
• viciamos la lista "lista":lista = [] y la llenamos ahora con 100 datos = 0
• creamos otra lista vacia llamada "listacant" la cual contiene la cantidad de datos que han caido en cada posición de la lista "listadatos"
• llenamos listacant con 100 veces la lista "lista"

De este modo tengo dos lista. listadatos que contiene hasta ahora 10,000 valores iguales a -9999 y listacant que cotiene 10,000 valores iguales a cero.
para promediar los datos y colocarlos en listadatos, verifico en primer lugar si la posición ya contiene valores distintos a -9999 o no, y deacuerdo con esto hago el promedio.

for i in range (344160):
            linea = temp_arc.readline()                                            # lee una linea del txt   
            xdato, ydato, zdato = linea.split(' ')                                # se obtienen coordenadas y dato por separado
            ncol = math.trunc ( ( float ( xdato ) - xmin ) / rsl )         # calculo de columna. rsl = resolución
            nfil = math.trunc ( ( ymax - float ( ydato ) ) / rsl )         # calculo de fila 
            if listadatos[ncol][nfil] == -9999:                                 # 
                listadatos[ncol][nfil] = float ( zdato )
            else:
                listadatos[ncol][nfil] = ( ( listadatos[ncol][nfil] 
                                         * listacant[ncol][nfil] 
                                         + float (zdato) ) 
                                          / ( listacant[ncol][nfil] + 1 ) )
            listacant[ncol][nfil] += 1

El problema es que al verificar el resutado, el codigo me pone 100 veces el mismo dato para una misma fila. la siguiente fila tiene un dato distinto que igualmente se repite 100 veces y así suscecivamente.
antes habia hecho el codigo con delphi y corria sin problemas, pero aquí no entiendo que pasa.

Me disculpo por lo extenso de mi consulta y ojala alguien pueda darme una pista de lo que estoy haciendo mal.

Saludos y gracias nuevamente.