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Hola,
en teoria, mientras se va dando datos a un archivo este esta abierto en modo escritura por lo que intentar acceder a el de esta misma manera te deberia dar error. Ahora bien, de la manera que lo estas contando, parece ser que puedes borrar el archivo aunque este este aun incompleto, por lo que se deduce que el programa que va generando el archivo lo va abriendo y cerrando paulatinamente. Si es este ultimo el caso, entonces lo veo muy dificil, pues tu aplicacion nunca sabria si el archivo esta acabado ya o aun le falta recibir mas datos. Una manera seria mirar si la aplicacion generadora esta activa, y si es asi, no hacer nada.
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