debes ajustar a tu consulta pues no conozco tus tablas
Código SQL
[-]
select B.ID,B.NOMBRE,count(I.ID) as cantidad
from BODEGAS B
LEFT JOIN INVENTARIOS I ON (B.IDPRODUCTO=I.IDE)
group by B.ID,B.NOMBRE
having sum(iif(TIPO ='I',cantidad,0))<sum(iif(TIPO ='E',cantidad,0));
ten muy presente el Having que es el que evalua que los ingresos sean inferiores a los egresos
Suerte