Yo para tareas tediosas, que se que van a tardar un buen rato, suelo programarlas en un thread independiente, y luego advierto al usuario que se esta trabajando y debe esperar... Pero como la aplicación no esta "detenida" ya no da la sensación de que este colgada... y de paso le metes algún progress bar de estos infinitos (circulares).
Saludos.
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