Pues... si un archivo está en uso teorícamente no se puede... pero hay de virgerías en xp/2000 que ni te cuento, con decir que he cambiado el nombre a un proceso en ejecución...
Creo que lo mejor sería que probases con un try....except y avisases de que el archivo está en uso y no se pudo copiar... O si no, buscar el ejecutable asociado al programa, ver si está Ejecutandose (no uses el truco de trucomanía pues siempre te va a devolver True...a mi al menos me pasa eso) y si se está ejecutandose avisa y lo asesinas (entiendase cerrar).
Es una sugerencia... ahora puedes hacerlo como quieras
