Lo único que se me ocurre es, dividir las base de datos y tablas para que no sean tan enormes
Como bien dices si un paciente puede tener 10Mb de datos, multiplica eso por 250 pacientes que te da 2.5Gb por día, en un mes 78.64Gb, en un año c...ño, da error la calculadora.
Se puede hacer una base de datos principal que será: Hospital de Nsra. XY, dentro de esta base de datos, están las tablas, y las tablas en común son los pacientes, medicos, habitaciones, etc, cada paciente tiene su DNI, NIF, PASAPORTE, ETC, lo que sea para tomar referencia, la idea es coger algún dato del paciente que no se repita para crear una base de datos con el dato del paciente no modificable y tablas correspondientes a ese paciente y dentro de esas tablas sólo guardaremos los PDF, JPGE, DOC, XLS, ETC, ETC..., de esta forma cada base de datos sólo tendrá como máximo 50Mb por dar un poco más de cuello para los imprevistos por si hay que repetir pruebas.
Es sólo una idea
Un saludo.