Si es sólo para un exe + alguna dll propia (sin tener en cuenta un motor de BD) podría valerte la siguiente idea
La mayoría de instaladores hacen sus versiones de instalación con varios ficheros
- un Setup.exe (el que lanza la instalación)
- algún fichero de configuración
- algún tipo de fichero comprimido donde estarán los exes y dlls que quieras instalar
- ........
Bien, lo que se debería hacer es mediante alguna librería de compresión (te podría valer la LibZLB que puedes encontrar en mi web para no utilizar los clásicos WinZip, WinRar, WinAce,...) comprimes esos archivos (los exes, dlls,...) y luego, el Setup.exe debería de realizar la descompresión de éstos (en el lugar que indique el fichero de configuración) creando las carpetas si fuera necesario,.......
Es una idea, quizás no la mejor, pero... tienes por donde empezar
