Si los ficheros se van a guardar en NTFS y no los vas a enviar por internet puedes usar "Alternate Data Streams"
http://es.wikipedia.org/wiki/Alternate_Data_Streams
Si los ficheros los copias o mueves la información se copiara o moverá unida a ellos, pero si los copias a un disco fat o los envías por correo electrónico perderás esa información.
Un uso típico de los ADS es cuando bajas un fichero ejecutable de internet, el IE lo marca y de esa forma cuando lo intentas ejecutar te muestra una advertencia.