A ver si comprendí...
Me imagino que estás en una red y quieres que otros usuarios no puedan ver tus archivos o que introduzcan usuario y contraseña ?
Qué tipo de archivos son ?... Los de MS Office hasta donde se puedes crearles una contraseña para acceso y para lectura de los mismos...
O tal vez te refieras a acceso a Carpetas que contienen esos archivos por lo que tu mismo puedes restringir el acceso a ellas mediante los permisos de la carpeta...
Ojalá que pudieras explicarte un poco mejor o que te haya ayudado un poco esta info
