Hola
Basicamente y para que funcione en la mayoria de navegadores debes de hacer los siguiente.
1. Hay que darle atributos de transparencia al flash de la siguiente forma
Código:
<object ...>
...
<param name="wmode" value="transparent">
<embed ... wmode=transparent></embed>
</object>
2. Deberías darle valor a la propiedad "z-index" tanto las capas del menu como a la del flash (si es que esta en una capa)
Código:
<div style="...; z-index:1">
El valor de z-index indica la profundidad de la capa, cuanto menor más profunda está la capa, cuanto mayor mas arriba esta la capa.
Por lo tanto las capas del menú deberían tener un valor 1 o superior y la capa del flash un valor 0, por ejemplo.
Espero que te sirva de ayuda.
PD. los puntos suspensivos los pongo para no tener que escribir todo lo que falta, NO SON PARTE DEL CÓDIGO.