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Si conoctas el disco de forma externa entonces seguramente lo harás por USB (más lento), no por SATA. Si lo conectas por SATA entonces no habrá diferencia.
Aparte me ha parecido entender que el servidor está en una máquina virtual, eso no es nada bueno, es otra capa más para hacerlo más lento.
Y en cuanto a que tus pruebas te sirve para saber si es más o menos lento que una sentencia sql ineficaz, entonces debo decirte que eso no es así, eso no sirve para nada.
Lo principal de todo es tener un select eficiente, todo lo que tarde más de 1 segundo es ineficiente.
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