Yo probaría hacer una consulta mas simple para ver si no te están mareando los datos, algo como:
Código SQL
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SELECT NxCtaCon.Codigo, SUM(NxRenCon.Debe) as Debe, SUM(NxRenCon.Fecha_Asi) as Haber
FROM NxCtaCon
LEFT JOIN NxRenCon ON NxCtaCon.Codigo=NxRenCon.Codmov AND NxRenCon.Fecha_Asi Between :cFechad and :cFechah
WHERE Debe-Haber <> 0
AND Nxctacon.Detalle = "S"
AND NxCtacon.Nivel <= :Niv
GROUP BY NxCtaCon.Codigo
ORDER BY NxCtaCon.Codigo
Si eso te da en cero, entonces la consulta anteiror es correcta, y posiblemente alguno de los filtros te está limitando los registros con datos en el haber.
Ojo que estas incluyendo campos que no pertenecen al grupo, eso no fuciona en todos los motores ni en todas las versiones de MySql.
PD: ¿Qué tiene que ver el título "LoadFromFile"?