Hola, Ya existen soluciones para trabajar con certificados e implementados.
Bambucode ha desarrollado una librería pra trabajar con XML, leer un certificado y sellarlo.
Se usa el DLL del openSSL. Y usa webservices para el timbrado con la dependencia fiscal, en le caso de méxico con el SAT.
hxxps://github.com/bambucode/tfacturaelectronica
Puedes tomar el ejemplo y aplicarlo tu mismo para eso.
Tambien puedes checar esta librería TurboPower Lockbox 3 (es una versión completamente nueva, muy avanzada y diferente de TP lockbox 2).
hxxp://lockbox.seanbdurkin.id.au/HomePage
hxxps://github.com/SeanBDurkin/tplockbox
Ese ya implementa muchas soluciones que se necesitan para los certificados, si les gusta el proyecto hagan una donación para que se pueda seguir trabajando con la librería.
NO veo el problema de usar Librerías externas a delphi, .NET tambien lo hace, así que eso de que .NET ya trae funciones es es algo relativo, con .NET siempre vas a depender que tu Framework pueda ser ejecutado en el ambiente en el que trabaje la máquina. Con las DLL de openssl eso no es necesario.