Basicamente uso sql, directo. Y la herramienta que sea para visualizar las tablas, como por ejemplo
http://www.valentina-db.com/valentina-studio-overview.
Para interfazar los datos, python con un ORM es genial (llenar tablas, hacer scripts y tener un "feel" de como seria programar contra la misma), usando ya sea el ORM de django
https://docs.djangoproject.com/en/dev/topics/db/ o sqlAlchemy
http://www.sqlalchemy.org/.
En resumen: Me parece mas importante testear como es programar la BD, que visualizarla como tal. Es como hacer una libreria: Hasta que no haya un test y/o un cliente uno no sabe si esta bien diseñada.