Sabes aún no termino de entender bien, pero si lo que quieres es los embarques por destinos y por días lo haría así:
Código SQL
[-]SELECT HistorialManifiestos.destino, HistorialManifiestos.fecha, count(HistorialManifiestos.fecha)
FROM HistorialManifiestos
GROUP BY HistorialManifiestos.destino, HistorialManifiestos.fecha
ORDER BY HistorialManifiestos.destino, HistorialManifiestos.fecha;
Suerte.